MMseqs2

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MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite

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- - docker.yml
  - Dockerfile.GPU-buster-cross-sbsa
  - Dockerfile.GPU-debian-slim-rocm7
  - Dockerfile.GPU-manylinux2014
  - Dockerfile.GPU-manylinux_2_28
  - Dockerfile.GPU-manylinux_2_28-rocm7
  - mac-arm64.yml
  - test-gpu-rocm.yml
  - test-gpu.yml
- ISSUE_TEMPLATE.md
- mmseqs2_logo.png
- AppendTargetProperty.cmake
- checkshell.sh
- CheckSSEFeatures.cmake
- FindASan.cmake
- FindAtomic.cmake
- FindMSan.cmake
- FindTSan.cmake
- FindUBSan.cmake
- GetGitRevisionDescription.cmake
- GetGitRevisionDescription.cmake.in
- MMseqsResourceCompiler.cmake
- MMseqsSetupDerivedTarget.cmake
- MMseqsSetupTest.cmake
- ResourceToString.cmake
- tostring.sed
- - CMakeLists.txt
  - CovSeqidQscPercMinDiag.lib
  - CovSeqidQscPercMinDiagTargetCov.lib
  - cs219.lib
  - ExpOpt3_8_polished.cs32.lib
  - K4000.crf
  - krona_prelude.html
  - libPolished_8.lib
  - libPure_blosum62_255.lib
  - libPure_blosum62_32.lib
  - Library255_may17.lib
  - result_viz_prelude.html.zst
- - blastn.sh
  - blastp.sh
  - blastpgp.sh
  - cascaded_clustering.sh
  - clustering.sh
  - CMakeLists.txt
  - createindex.sh
  - createtaxdb.sh
  - databases.sh
  - easycluster.sh
  - easyproteomecluster.sh
  - easyproteomesearch.sh
  - easyrbh.sh
  - easysearch.sh
  - easytaxonomy.sh
  - enrich.sh
  - iterativepp.sh
  - linclust.sh
  - linsearch.sh
  - map.sh
  - multihitdb.sh
  - multihitsearch.sh
  - nucleotide_clustering.sh
  - pickconsensusrep.sh
  - pickconsensusrepfast.sh
  - rbh.sh
  - searchslicedtargetprofile.sh
  - searchtargetprofile.sh
  - taxonomy.sh
  - taxpercontig.sh
  - translated_search.sh
  - tsv2exprofiledb.sh
  - update_clustering.sh
- blosum100.out
- blosum30.out
- blosum35.out
- blosum40.out
- blosum45.out
- blosum50.out
- blosum55.out
- blosum60.out
- blosum62.out
- blosum65.out
- blosum70.out
- blosum75.out
- blosum80.out
- blosum85.out
- blosum90.out
- blosum95.out
- CMakeLists.txt
- nucleotide.out
- PAM10.out
- PAM100.out
- PAM110.out
- PAM120.out
- PAM130.out
- PAM140.out
- PAM150.out
- PAM160.out
- PAM170.out
- PAM180.out
- PAM190.out
- PAM20.out
- PAM30.out
- PAM40.out
- PAM50.out
- PAM60.out
- PAM70.out
- PAM80.out
- PAM90.out
- VTML10.out
- VTML120.out
- VTML160.out
- VTML20.out
- VTML200.out
- VTML40.out
- VTML80.out
- DB.fasta
- QUERY.fasta
- - CMakeLists.txt
  - LICENSE
  - njn_approx.hpp
  - njn_doubletype.hpp
  - njn_dynprogprob.cpp
  - njn_dynprogprob.hpp
  - njn_dynprogproblim.cpp
  - njn_dynprogproblim.hpp
  - njn_dynprogprobproto.cpp
  - njn_dynprogprobproto.hpp
  - njn_function.hpp
  - njn_integer.hpp
  - njn_ioutil.cpp
  - njn_ioutil.hpp
  - njn_localmaxstat.cpp
  - njn_localmaxstat.hpp
  - njn_localmaxstatmatrix.cpp
  - njn_localmaxstatmatrix.hpp
  - njn_localmaxstatutil.cpp
  - njn_localmaxstatutil.hpp
  - njn_matrix.hpp
  - njn_memutil.hpp
  - njn_random.cpp
  - njn_random.hpp
  - njn_root.hpp
  - njn_uniform.hpp
  - njn_vector.hpp
  - readme.txt
  - sls_alignment_evaluer.cpp
  - sls_alignment_evaluer.hpp
  - sls_alp.cpp
  - sls_alp.hpp
  - sls_alp_data.cpp
  - sls_alp_data.hpp
  - sls_alp_regression.cpp
  - sls_alp_regression.hpp
  - sls_alp_sim.cpp
  - sls_alp_sim.hpp
  - sls_basic.cpp
  - sls_basic.hpp
  - sls_normal_distr_array.hpp
  - sls_pvalues.cpp
  - sls_pvalues.hpp
- - base64.h
  - LICENSE
  - README.md
- - .gitignore
  - Cargo.toml
  - ideas.md
  - LICENSE
  - README.md
  - rust-toolchain
- - .gitignore
  - CMakeLists.txt
  - LICENSE
  - README.md
  - RELEASES.md
- - fast_float.h
  - VERSION
- - LICENSE
  - README.md
  - VERSION
- - ips4o.hpp
  - LICENSE
  - README.md
- - CMakeLists.txt
  - kseq.h
  - ksw2.h
  - ksw2_extz2_sse.cpp
  - LICENSE.txt
  - README.md
- - .gitignore
  - allqueries.fasta
  - LICENSE
  - Makefile
  - Readme.md
- - CMakeLists.txt
  - LICENSE
  - microtar.c
  - microtar.h
  - README.md
- - CMakeLists.txt
  - License.txt
  - malloc.c.h
  - nedmalloc.c
  - nedmalloc.h
  - Readme.txt
- - simd.h
- - CMakeLists.txt
  - mcf_simd.h
  - tantan.cpp
  - tantan.h
- - .travis.yml
  - benchmark.c
  - CMakeLists.txt
  - CONTRIBUTING
  - example.c
  - example2.c
  - example3.c
  - LICENSE
  - Makefile
  - minctest.h
  - README.md
  - test.c
  - tinyexpr.c
  - tinyexpr.h
- - LICENSE
  - xxhash.c
  - xxhash.h
- - .buckconfig
  - .buckversion
  - .gitattributes
  - .gitignore
  - .travis.yml
  - appveyor.yml
  - CHANGELOG
  - CODE_OF_CONDUCT.md
  - CONTRIBUTING.md
  - COPYING
  - LICENSE
  - Makefile
  - README.md
  - TESTING.md
- - Align2clust.cpp
  - Alignment.cpp
  - Alignment.h
  - BandedNucleotideAligner.cpp
  - BandedNucleotideAligner.h
  - BlockAligner.cpp
  - BlockAligner.h
  - CMakeLists.txt
  - CompressedA3M.cpp
  - CompressedA3M.h
  - DistanceCalculator.cpp
  - DistanceCalculator.h
  - EvalueComputation.h
  - Fwbw.cpp
  - Fwbw.h
  - Main.cpp
  - Matcher.cpp
  - Matcher.h
  - MsaFilter.cpp
  - MsaFilter.h
  - MultipleAlignment.cpp
  - MultipleAlignment.h
  - PSSMCalculator.cpp
  - PSSMCalculator.h
  - rescorediagonal.cpp
  - StripedSmithWaterman.cpp
  - StripedSmithWaterman.h
- - AlignmentSymmetry.cpp
  - AlignmentSymmetry.h
  - Clustering.cpp
  - Clustering.h
  - ClusteringAlgorithms.cpp
  - ClusteringAlgorithms.h
  - CMakeLists.txt
  - Main.cpp
- - A3MReader.cpp
  - A3MReader.h
  - AminoAcidLookupTables.h
  - Application.cpp
  - BacktraceTranslator.h
  - BaseMatrix.cpp
  - BaseMatrix.h
  - ByteParser.h
  - CMakeLists.txt
  - Command.cpp
  - Command.h
  - CommandCaller.cpp
  - CommandCaller.h
  - Concat.h
  - CSProfile.cpp
  - CSProfile.h
  - DBConcat.cpp
  - DBConcat.h
  - DBReader.cpp
  - DBReader.h
  - DBReaderSortIndex.cpp
  - DBWriter.cpp
  - DBWriter.h
  - Debug.cpp
  - Debug.h
  - Domain.h
  - DownloadDatabase.h
  - ExpressionParser.cpp
  - ExpressionParser.h
  - FastSort.h
  - FileUtil.cpp
  - FileUtil.h
  - GpuUtil.cpp
  - GpuUtil.h
  - GzReader.h
  - HeaderSummarizer.cpp
  - HeaderSummarizer.h
  - IndexReader.h
  - IndexTypes.h
  - IntervalArray.h
  - itoa.h
  - KSeqBufferReader.h
  - KSeqWrapper.cpp
  - KSeqWrapper.h
  - LambdaCalculation.cpp
  - LambdaCalculation.h
  - LibraryReader.cpp
  - LibraryReader.h
  - Masker.cpp
  - Masker.h
  - MathUtil.h
  - MemoryMapped.cpp
  - MemoryMapped.h
  - MemoryTracker.cpp
  - MemoryTracker.h
  - MMseqsMPI.cpp
  - MMseqsMPI.h
  - MultiParam.cpp
  - MultiParam.h
  - NucleotideMatrix.cpp
  - NucleotideMatrix.h
  - Orf.cpp
  - Orf.h
  - Parameters.cpp
  - Parameters.h
  - PatternCompiler.h
  - ProfileStates.cpp
  - ProfileStates.h
  - ScoreMatrix.cpp
  - ScoreMatrix.h
  - Sequence.cpp
  - Sequence.h
  - SequenceWeights.cpp
  - SequenceWeights.h
  - StringBlock.h
  - SubstitutionMatrix.cpp
  - SubstitutionMatrix.h
  - SubstitutionMatrixProfileStates.h
  - Timer.cpp
  - Timer.h
  - TranslateNucl.h
  - UniprotKB.cpp
  - UniprotKB.h
  - Util.cpp
  - Util.h
- - CMakeLists.txt
  - KmerIndex.h
  - kmerindexdb.cpp
  - kmermatcher.cpp
  - kmermatcher.h
  - kmersearch.cpp
  - kmersearch.h
  - LinsearchIndexReader.cpp
  - LinsearchIndexReader.h
  - MarkovKmerScore.h
- - Aggregation.cpp
  - Aggregation.h
  - besthitperset.cpp
  - CMakeLists.txt
  - combinepvalperset.cpp
  - MultiHitDb.cpp
  - MultiHitSearch.cpp
  - resultsbyset.cpp
- - CacheFriendlyOperations.cpp
  - CacheFriendlyOperations.h
  - CMakeLists.txt
  - ExtendedSubstitutionMatrix.cpp
  - ExtendedSubstitutionMatrix.h
  - IndexBuilder.cpp
  - IndexBuilder.h
  - Indexer.cpp
  - Indexer.h
  - IndexTable.h
  - KmerGenerator.cpp
  - KmerGenerator.h
  - Main.cpp
  - Prefiltering.cpp
  - Prefiltering.h
  - PrefilteringIndexReader.cpp
  - PrefilteringIndexReader.h
  - QueryMatcher.cpp
  - QueryMatcher.h
  - QueryMatcherTaxonomyHook.h
  - ReducedMatrix.cpp
  - ReducedMatrix.h
  - SequenceLookup.cpp
  - SequenceLookup.h
  - UngappedAlignment.cpp
  - UngappedAlignment.h
  - ungappedprefilter.cpp
- - addtaxonomy.cpp
  - aggregatetax.cpp
  - CMakeLists.txt
  - createbintaxmapping.cpp
  - createbintaxonomy.cpp
  - createtaxdb.cpp
  - filtertaxdb.cpp
  - filtertaxseqdb.cpp
  - lca.cpp
  - MappingReader.h
  - NcbiTaxonomy.cpp
  - NcbiTaxonomy.h
  - TaxonomyExpression.h
  - taxonomyreport.cpp
- - CMakeLists.txt
  - dataGap
  - dataGap.index
  - dataLinear
  - dataLinear.dbtype
  - dataLinear.index
  - TestAlignment.cpp
  - TestAlignmentPerformance.cpp
  - TestAlignmentTraceback.cpp
  - TestAlp.cpp
  - TestBacktraceTranslator.cpp
  - TestBestAlphabet.cpp
  - TestCompositionBias.cpp
  - TestCounting.cpp
  - TestDBReader.cpp
  - TestDBReaderIndexSerialization.cpp
  - TestDBReaderZstd.cpp
  - TestDiagonalScoring.cpp
  - TestDiagonalScoringPerformance.cpp
  - TestExtendedSubstitutionMatrix.cpp
  - TestKmerGenerator.cpp
  - TestKmerGeneratorPerf.cpp
  - TestKmerGeneratorProfile.cpp
  - TestKmerNucl.cpp
  - TestKmerScore.cpp
  - TestKsw2.cpp
  - TestKwayMerge.cpp
  - TestMerge.cpp
  - TestMultipleAlignment.cpp
  - TestOrf.cpp
  - TestProfileAlignment.cpp
  - TestPSSM.cpp
  - TestPSSMPrune.cpp
  - TestReduceMatrix.cpp
  - TestScoreMatrixSerialization.cpp
  - TestSequenceIndex.cpp
  - TestTanTan.cpp
  - TestTaxExpr.cpp
  - TestTaxonomy.cpp
  - TestTinyExpr.cpp
  - TestTranslate.cpp
  - TestUngappedCpuPerf.cpp
  - TestUtil.cpp
- - alignall.cpp
  - alignbykmer.cpp
  - appenddbtoindex.cpp
  - apply.cpp
  - calculatelambda.cpp
  - clusthash.cpp
  - CMakeLists.txt
  - compress.cpp
  - convert2fasta.cpp
  - convertalignments.cpp
  - convertblastdb.cpp
  - convertca3m.cpp
  - convertkb.cpp
  - convertmsa.cpp
  - convertprofiledb.cpp
  - countkmer.cpp
  - cpmvrmlndb.cpp
  - createclusterdb.cpp
  - createdb.cpp
  - createseqfiledb.cpp
  - createsubdb.cpp
  - createtsv.cpp
  - db2tar.cpp
  - dbtype.cpp
  - diffseqdbs.cpp
  - diskspaceavail.cpp
  - expandaln.cpp
  - extractalignedregion.cpp
  - extractdomains.cpp
  - extractframes.cpp
  - extractorfs.cpp
  - filtera3m.cpp
  - filterdb.cpp
  - gff2db.cpp
  - gpuserver.cpp
  - indexdb.cpp
  - makepaddedseqdb.cpp
  - maskbygff.cpp
  - masksequence.cpp
  - mergeclusters.cpp
  - mergedbs.cpp
  - mergeresultsbyset.cpp
  - msa2profile.cpp
  - msa2result.cpp
  - nrtotaxmapping.cpp
  - offsetalignment.cpp
  - orftocontig.cpp
  - pairaln.cpp
  - parseproteomealignments.cpp
  - pickrepprofile.cpp
  - prefixid.cpp
  - profile2neff.cpp
  - profile2pssm.cpp
  - profile2seq.cpp
  - proteinaln2nucl.cpp
  - proteomecluster.cpp
  - recoverlongestorf.cpp
  - renamedbkeys.cpp
  - result2dnamsa.cpp
  - result2flat.cpp
  - result2msa.cpp
  - result2profile.cpp
  - result2rbh.cpp
  - result2repseq.cpp
  - result2stats.cpp
  - result2stats.h
  - reverseseq.cpp
  - sequence2profile.cpp
  - setextendeddbtype.cpp
  - sortresult.cpp
  - splitdb.cpp
  - splitsequence.cpp
  - subtractdbs.cpp
  - summarizealis.cpp
  - summarizeheaders.cpp
  - summarizeresult.cpp
  - summarizetabs.cpp
  - swapresults.cpp
  - tar2db.cpp
  - touchdb.cpp
  - transitivealign.cpp
  - translateaa.cpp
  - translatenucs.cpp
  - tsv2db.cpp
  - tsv2exprofiledb.cpp
  - unpackdb.cpp
  - versionstring.cpp
  - view.cpp
- - CMakeLists.txt
  - Version.cpp
- - Cluster.cpp
  - ClusterUpdate.cpp
  - CMakeLists.txt
  - CreateIndex.cpp
  - Databases.cpp
  - EasyCluster.cpp
  - EasyLinclust.cpp
  - EasyProteomecluster.cpp
  - EasyProteomesearch.cpp
  - EasyRbh.cpp
  - EasySearch.cpp
  - EasyTaxonomy.cpp
  - Enrich.cpp
  - Linclust.cpp
  - Linsearch.cpp
  - Map.cpp
  - PickConsensusRep.cpp
  - PickConsensusRepFast.cpp
  - Rbh.cpp
  - Search.cpp
  - Taxonomy.cpp
- CMakeLists.txt
- CommandDeclarations.h
- mmseqs.cpp
- MMseqsBase.cpp
- .gitattributes
- bash-completion.sh
- build_osx.sh
- build_windows.sh
- CMakeLists.txt
- make-release.sh
- mmseqs_wrapper.bat
- mmseqs_wrapper.sh
- regression
- update_blockaligner.sh
- update_libmarv.sh
- update_simde.sh
- update_zstd.sh
.cirrus.yml
.dockerignore
.gitattributes
.gitignore
.gitmodules
azure-pipelines.yml
CMakeLists.txt
Dockerfile
LICENSE.md
README.md

# 설치 가이드

1. 코드 내려받기

git clone https://github.com/soedinglab/MMseqs2

깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.

cd MMseqs2

방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.

2. 공식 설치 스크립트

쉬움 추천

사전 준비물

Homebrew macOS/Linux용 패키지 매니저입니다.

brew install mmseqs2

Homebrew로 이미 빌드된 패키지를 바로 설치합니다. 소스 빌드가 필요 없습니다.

✅ 설치 후 새 터미널을 열고, 프로그램의 버전 확인 명령(예: --version)으로 정상 설치됐는지 확인하세요.

이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.

3. Docker

쉬움

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.

docker pull ghcr.io/soedinglab/mmseqs2

이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.

✅ 터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.

이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.

4. CMake

보통

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
CMake 빌드 설정을 생성하는 도구입니다.
C/C++ 컴파일러 Windows는 Visual Studio(Community 무료), macOS는 Xcode Command Line Tools, Linux는 gcc/g++ 패키지가 필요합니다.

mkdir build && cd build

빌드 결과물을 담을 폴더를 만들고 그 안으로 이동합니다.

cmake ..

소스코드를 분석해 빌드 설정 파일을 생성합니다 (build 폴더 안에서 실행해야 함).

make

생성된 빌드 설정을 바탕으로 실제 컴파일을 진행해 실행 파일을 만듭니다.

✅ build 폴더 안에 실행 파일이 생성됐는지 확인하고, 직접 실행해보세요 (예: ./build/앱이름).

5. .NET

보통

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
.NET SDK dotnet 명령어를 쓰기 위한 SDK입니다.

⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.

cd lib/zstd/build/VS2008

이 프로젝트의 관련 파일이 하위 폴더 안에 있어서, 먼저 그 폴더로 이동합니다.

dotnet restore

프로젝트에 필요한 패키지를 내려받습니다.

dotnet run

프로젝트를 빌드하고 바로 실행합니다.

✅ dotnet run 실행 후 터미널에 나타나는 안내 메시지나 주소를 확인하세요.

6. Rust

보통

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Rust (rustup) rustup으로 설치하면 cargo도 함께 설치됩니다.

⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.

cd lib/block-aligner

이 프로젝트의 관련 파일이 하위 폴더 안에 있어서, 먼저 그 폴더로 이동합니다.

cargo build --release

Rust 프로젝트를 컴파일합니다.

cargo run

빌드 후 바로 실행까지 진행합니다.

✅ cargo build가 에러 없이 끝나면 성공입니다. target/ 폴더에 실행 파일이 생성됩니다.

7. Make

보통

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Make Linux/macOS는 보통 기본 설치되어 있습니다. Windows는 별도 설치(예: MSYS2, WSL)가 필요합니다.

⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.

cd lib/block-aligner/c

이 프로젝트의 관련 파일이 하위 폴더 안에 있어서, 먼저 그 폴더로 이동합니다.

make

생성된 빌드 설정을 바탕으로 실제 컴파일을 진행해 실행 파일을 만듭니다.

✅ 에러 없이 끝나면 성공입니다. 생성된 실행 파일을 직접 실행해보세요.

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# 설치 가이드

2. 공식 설치 스크립트

3. Docker

4. CMake

5. .NET

6. Rust

7. Make

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3. Docker

4. CMake

5. .NET

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