cljam
A DNA Sequence Alignment/Map (SAM) library for Clojure
File Explorer
Download Latest Version (.zip)- config.edn
- coverage.yml
- format.yml
- lint.yml
- main.yml
- CODEOWNERS
- dependabot.yml
- bam_indexer_bench.clj
- convert_bench.clj
- depth_bench.clj
- pileup_bench.clj
- sam_bench.clj
- sequence_bench.clj
- vcf_bench.clj
- bam_indexer.clj
- convert.clj
- cram_indexer.clj
- dedupe.clj
- depth.clj
- dict.clj
- fasta_indexer.clj
- level.clj
- normal.clj
- pileup.clj
- sorter.clj
- vcf_indexer.clj
- common.clj
- core.clj
- decoder.clj
- encoder.clj
- reader.clj
- writer.clj
- common.clj
- core.clj
- reader.clj
- writer.clj
- reader.clj
- writer.clj
- rans4x8.clj
- record.clj
- structure.clj
- alignment_stats.clj
- compressor.clj
- context.clj
- mate_records.clj
- partitioning.clj
- record.clj
- structure.clj
- subst_matrix.clj
- tag_dict.clj
- protocol.clj
- bit_stream.clj
- core.clj
- data_series.clj
- itf8.clj
- reader.clj
- seq_resolver.clj
- writer.clj
- core.clj
- writer.clj
- core.clj
- reader.clj
- util.clj
- writer.clj
- core.clj
- reader.clj
- writer.clj
- cigar.clj
- flag.clj
- header.clj
- option.clj
- quality.clj
- refs.clj
- sequence.clj
- validator.clj
- common.clj
- reader.clj
- util.clj
- writer.clj
- reader.clj
- writer.clj
- gzi.clj
- data_io.clj
- io_stream.clj
- bgzf.clj
- bin.clj
- byte_buffer.clj
- chunk.clj
- lsb.clj
- check.clj
- normalize.clj
- validator.clj
- reader.clj
- util.clj
- writer.clj
- bam_index.clj
- bed.clj
- bigwig.clj
- crai.clj
- cram.clj
- csi.clj
- fastq.clj
- gff.clj
- pileup.clj
- protocols.clj
- sam.clj
- sequence.clj
- tabix.clj
- util.clj
- vcf.clj
- wig.clj
- chromosome.clj
- intervals.clj
- region.clj
- sequence.clj
- whole_genome.clj
- common.clj
- util.clj
- bam_indexer_test.clj
- convert_test.clj
- cram_indexer_test.clj
- dedupe_test.clj
- depth_test.clj
- dict_test.clj
- fasta_indexer_test.clj
- normal_test.clj
- pileup_test.clj
- sorter_test.clj
- vcf_indexer_test.clj
- decoder_test.clj
- encoder_test.clj
- reader_test.clj
- writer_test.clj
- reader_test.clj
- writer_test.clj
- rans4x8_test.clj
- record_test.clj
- structure_test.clj
- alignment_stats_test.clj
- mate_records_test.clj
- partitioning_test.clj
- record_test.clj
- structure_test.clj
- subst_matrix_test.clj
- tag_dict_test.clj
- bit_stream_test.clj
- data_series_test.clj
- itf8_test.clj
- seq_resolver_test.clj
- writer_test.clj
- core_test.clj
- cigar_test.clj
- flag_test.clj
- header_test.clj
- option_test.clj
- refs_test.clj
- sequence_test.clj
- validator_test.clj
- gzi_test.clj
- data_io_test.clj
- io_stream_test.clj
- bin_test.clj
- byte_buffer_test.clj
- lsb_test.clj
- check_test.clj
- normalize_test.clj
- validator_test.clj
- reader_test.clj
- util_test.clj
- writer_test.clj
- bam_index_test.clj
- bam_test.clj
- bed_test.clj
- bigwig_test.clj
- crai_test.clj
- cram_test.clj
- csi_test.clj
- fastq_test.clj
- gff_test.clj
- pileup_test.clj
- sam_test.clj
- sequence_test.clj
- tabix_test.clj
- util_test.clj
- vcf_test.clj
- wig_test.clj
- chromosome_test.clj
- intervals_test.clj
- region_test.clj
- sequence_test.clj
- whole_genome_test.clj
- test_common.clj
- util_test.clj
- dedupe_after.bam
- dedupe_before.bam
- dedupe_before.bam.bai
- include-BS-type-option.bam
- long_cigar_operations.bam
- medium.bam
- medium.bam.bai
- normalize_after.bam
- normalize_before.bam
- opts.bam
- paired.bam
- seq-asterisk.bam
- seq-asterisk.bam.bai
- small.bam
- small.bam.bai
- test.bam
- test.sorted.bam
- test.sorted.bam.bai
- invalid.bcf
- test-changed-chr-order.bcf
- test-changed-chr-order.bcf.csi
- test-no-samples.bcf
- test-v4_3-complex.bcf
- test-v4_3-complex.bcf.csi
- test-v4_3.bcf
- various-bins.bcf
- various-bins.bcf.csi
- test1.bed
- test1.bed.gz
- test2.bed
- test2.bed.bz2
- test3.bed
- test4.bed
- test4.bed.gz
- test-bedgraph.bigWig
- test-fixed.bigWig
- test-non-leaf-blocks.bigWig
- test-variable.bigWig
- compressed_order0.dat.rans4x8
- compressed_order1.dat.rans4x8
- uncompressed_order0.dat
- uncompressed_order1.dat
- medium.cram
- medium.cram.crai
- medium_with_standard_tags.cram
- medium_without_index.cram
- paired.sorted.cram
- test.cram
- test.sorted.cram
- test.sorted_with_unknown_so.cram
- test-v4_3-complex.vcf.gz.csi
- test.csi
- medium.fa
- medium.fa.fai
- medium.fa.gz
- medium_bgzf.fa.gz
- medium_bgzf.fa.gz.fai
- medium_bgzf.fa.gz.gzi
- test-fa.dict
- test.fa
- test.fa.bz2
- test.fa.fai
- test.fq
- test.fq.bz2
- test.fq.gz
- test_R1.fastq.gz
- test_R2.fastq.gz
- example.gff3
- f.pileup
- r1.pileup
- r1f.pileup
- r1s.pileup
- r1sf.pileup
- r2.pileup
- r2f.pileup
- r2s.pileup
- r2sf.pileup
- s.pileup
- sf.pileup
- test.pileup
- include-BS-type-option.sam
- long_cigar_operations.sam
- medium.sam
- normalize_after.sam
- normalize_before.sam
- opts.sam
- seq-asterisk.sam
- test.sam
- test.gtf.gz.tbi
- be-test-n.2bit
- be-test.2bit
- medium.2bit
- test-n.2bit
- test.2bit
- test-changed-chr-order-field-less.vcf.gz
- test-changed-chr-order.vcf.gz
- test-changed-chr-order.vcf.gz.csi
- test-chr-skipped.vcf.gz
- test-chr-skipped.vcf.gz.csi
- test-no-samples.vcf
- test-v4_0.vcf
- test-v4_3-complex.vcf
- test-v4_3-complex.vcf.gz
- test-v4_3-complex.vcf.gz.tbi
- test-v4_3.vcf
- various-bins.vcf.gz
- various-bins.vcf.gz.csi
- various-bins.vcf.gz.tbi
- test1.wig
- test2.wig
- .gitignore
- CHANGELOG.md
- deploy-snapshot.sh
- LICENSE
- project.clj
- README.md
// repository documentation
Was this content helpful?
(0 ratings)