CheckM
Assess the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes
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최종 버전 다운로드 (.zip)- checkm
- __init__.py
- AbstractPlot.py
- codingDensityPlots.py
- distributionPlots.py
- gcBiasPlots.py
- gcPlots.py
- lengthHistogram.py
- markerGenePosPlot.py
- nxPlot.py
- tetraDistPlots.py
- __init__.py
- test_aminoAcidIdentity.py
- test_binStatistics.py
- test_ecoli.py
- test_genomicSignatures.py
- test_markerSets.py
- test_seqUtils.py
- test_taxonomyUtils.py
- __init__.py
- img.py
- pfam.py
- seqUtils.py
- taxonomyUtils.py
- __init__.py
- aminoAcidIdentity.py
- binStatistics.py
- binTools.py
- checkmData.py
- common.py
- coverage.py
- coverageWindows.py
- customHelpFormatter.py
- DATA_CONFIG
- defaultValues.py
- fileEntity.py
- genomicSignatures.py
- hmmer.py
- hmmerAligner.py
- hmmerModelParser.py
- logger.py
- main.py
- manifestManager.py
- markerGeneFinder.py
- markerSets.py
- merger.py
- pplacer.py
- prettytable.py
- prodigal.py
- profile.py
- resultsParser.py
- ssuFinder.py
- taxonParser.py
- timeKeeper.py
- treeParser.py
- unbinned.py
- uniqueMarkers.py
- VERSION
- cpr_43_markers.hmm
- cpr_43_markers.xlxs
- Dockerfile
- identifyColocatedGenes.py
- markerGeneCorrelation.py
- simMarkerGenesVsMarkerSet.py
- __init__.py
- bootstrapTree.py
- consistencyTest.py
- createSmallTree.py
- decorateTree.py
- getPhylogeneticHMMs.py
- inferGenomeTree.py
- makeTrees.py
- markerSetBuilder.py
- paralogTest.py
- phylogeneticInferenceGenes.py
- rerootTree.py
- __init__.py
- calculateBounds.py
- calculateBoundsTD.py
- calculateConservativeMarkerGenes.py
- classTree.py
- classTreeInternalNodeMetadata.py
- createMarketSetPlots.py
- createSelectedMarkerSetMapping.py
- createTaxonomicSpecificMarkerSets.py
- distributionDeltaCodingDensity.py
- distributionDeltaGC.py
- distributionDeltaTetraDiff.py
- evaluatePfamTigrfamHMMs.py
- evaluateProdigal.py
- findCircularSeqs.py
- geneCountDict.py
- genomeCharacteristics.py
- genomeTreeWorkflow.py
- getHMMs.py
- getMarkerGeneHMMs.py
- identifyColocatedGenes.py
- identifyCompleteGenomes.py
- identifyDegenerateGenomes.py
- identifyGeneLossAndDuplication.py
- identifyLineageStability.py
- markerGeneCorrelation.py
- markerSetLOO.py
- markerSetSelection.py
- markerSetSize.py
- markerSetSizes.py
- markerSetStability.py
- markerSetStabilityTest.py
- markerSetTest.py
- plotMarkerSetDistribution.py
- plotScaffoldLenVsMarkers.py
- pruneTree.py
- qcGenomes.py
- runGenomeSigDist.py
- runMarkerSetLOO.py
- simCompare.py
- simCompareDiffPlot.py
- simComparePlots.py
- simEvaluateBias.py
- simEvaluateBiasHistograms.py
- simInferBestMarkerSet.py
- simLineageSpecificMarkerSets.py
- simMarkerGenesVsMarkerSet.py
- simTiming.py
- simulation.py
- simulationScaffoldsByLength.py
- simulationScaffoldsRandom.py
- taxonomicTreeWorkflow.py
- tigr2pfam.py
- .gitignore
- CHANGES.txt
- CONTRIBUTING
- LICENSE
- MANIFEST
- MANIFEST.in
- README.md
- setup.py
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/Ecogenomics/CheckM
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd CheckM
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. Docker
쉬움 추천사전 준비물
- Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
- Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.
docker build -f docker/Dockerfile -t checkm .
Dockerfile을 기반으로 실행 가능한 이미지를 빌드합니다.
docker run -p 8080:80 checkm
빌드된 이미지를 실제 컨테이너로 실행합니다.
터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.
// repository documentation
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