plmc

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Inference of couplings in proteins and RNAs from sequence variation

파일 탐색기

- - end_to_end.yml
  - main.yml
- .gitignore
- - potts3.a2m
- - DHFR.a2m
  - DHFR.png
- - RF00162.fasta
  - RF00162.png
- .gitignore
- export_couplings_json.m
- plot_coupling_scores.m
- read_params.m
- run_examples.m
- - arithmetic_ansi.h
  - arithmetic_sse_double.h
  - arithmetic_sse_float.h
  - inference.h
  - lbfgs.h
  - plm.h
  - twister.h
  - weights.h
- - lbfgs.c
  - twister.c
- inference.c
- main.c
- plm.c
- weights.c
- DHFR.couplings
- DHFR_weights_raw.txt
- protein.sh
LICENSE
makefile
README.md

1. 코드 내려받기

git clone https://github.com/debbiemarkslab/plmc

깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.

cd plmc

방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.

쉬움 추천

사전 준비물

brew install libomp

Homebrew로 이미 빌드된 패키지를 바로 설치합니다. 소스 빌드가 필요 없습니다.

✅ 설치 후 새 터미널을 열고, 프로그램의 버전 확인 명령(예: --version)으로 정상 설치됐는지 확인하세요.

이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.

보통

사전 준비물

make all-openmp