Drop-seq

(★ 136)

Java tools for analyzing Drop-seq data

파일 탐색기

최종 버전 다운로드 (.zip)

- - bug_report.md
  - documentation-request.md
  - feature_request.md
- - docker-drop-seq_java.yaml
  - docker-drop-seq_python.yaml
  - docker-drop-seq_r.yaml
  - docker-drop-seq_reusable.yaml
  - docker-peer.yaml
  - DropSeq.dropulation.r.yml
  - DropSeq.eqtl.r.yml
  - DropSeq.utilities.r.yml
  - gradle.yml
  - python-dropseq.yml
  - R-package.yml
- Census-seq_Computational_Protcools.pdf
- Donor_Assignment_Computational_Cookbook.pdf
- Drop-seq_Alignment_Cookbook.pdf
- .gitignore
- build.gradle.kts
- - gradle-wrapper.jar
  - gradle-wrapper.properties
- - defs.xml
- - make_wrapper_scripts.sh
  - public_clp_template.sh
- - .gitignore
  - LICENSE
  - pyproject.toml
  - README.md
- - create_Drop-seq_reference_metadata.sh
  - defs.sh
  - Drop-seq_alignment.sh
.gitattributes
.gitignore
build.xml
gradlew
gradlew.bat
LICENSE
README.md
settings.gradle.kts

# 설치 가이드

1. 코드 내려받기

git clone https://github.com/broadinstitute/Drop-seq

깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.

cd Drop-seq

방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.

2. Docker

쉬움 추천

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.

⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.

docker build -f src/docker/PEER/Dockerfile -t drop-seq .

Dockerfile을 기반으로 실행 가능한 이미지를 빌드합니다.

docker run -p 8080:80 drop-seq

빌드된 이미지를 실제 컨테이너로 실행합니다.

✅ 터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.

3. Gradle (Java/Kotlin)

보통

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
JDK (Java) Java/Kotlin 프로젝트를 빌드/실행하려면 필요합니다.
Gradle 레포에 포함된 gradlew(Gradle Wrapper)를 쓰면 Gradle을 따로 설치할 필요가 없습니다.

cd dropseq

이 프로젝트의 관련 파일이 하위 폴더 안에 있어서, 먼저 그 폴더로 이동합니다.

./gradlew build

Gradle로 빌드를 진행합니다.

✅ BUILD SUCCESSFUL 메시지가 뜨면 성공입니다. build/ 폴더에 결과물이 생성됩니다.

4. Python

쉬움

사전 준비물

Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
Python 3 설치 시 'Add Python to PATH' 옵션을 꼭 체크하세요 (Windows).

⚠️ 이 프로젝트는 규모가 큰 저장소라, 이 방법이 실제 핵심 제품이 아니라 내부 하위 패키지를 가리키는 것일 수 있습니다. README 전체를 함께 확인해보세요.

pip install .

PyPI에 배포된 패키지를 바로 설치합니다. 소스 클론이 필요 없습니다.

jupyter notebook

브라우저에서 노트북(.ipynb) 파일들을 열람하고 실행할 수 있는 Jupyter 화면을 켭니다.

✅ 에러 메시지 없이 실행되고 터미널에 안내 문구가 출력되면 정상입니다.

Drop-seq

파일 탐색기

# 설치 가이드

2. Docker

3. Gradle (Java/Kotlin)

4. Python

오늘의 추천 프로젝트

Was this content helpful?

Recent Feedback

Drop-seq

파일 탐색기

# 설치 가이드

2. Docker

3. Gradle (Java/Kotlin)

4. Python

오늘의 추천 프로젝트

Was this content helpful?

Recent Feedback

Download README