OpenDDE
An Open-source Drug Discovery Engine
파일 탐색기
최종 버전 다운로드 (.zip)- ci.yml
- release.yml
- hiring.png
- OpenDDE.png
- OpenDDE_Technical_Reports.pdf
- results.png
- scaling_law.png
- common_interface_clusters.csv
- common_interfaces.csv
- common_targets.txt
- 1.0.1.md
- docker_installation.md
- foldcp_e2e_baseline.md
- infer_json_format.md
- inference_instructions.md
- kernels.md
- msa_template_pipeline.md
- supported_models.md
- tutorial.md
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- 9gmw_2_all.a3m
- example_9gmw_2.json
- hmmsearch.a3m
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- concat.hhr
- non_pairing.a3m
- pairing.a3m
- example_9fm7.json
- example_mgyp004658859411.json
- 7wux_smiles.smi
- compounds-3d-R.sdf
- compounds-3d-RS.sdf
- 2lwu.cif
- 7pzb.pdb
- dimer.fasta
- example.json
- example_without_msa.json
- foldcp_demo_placeholder.json
- input.json
- prot.fasta
- protein_200.json
- __init__.py
- config.py
- data.py
- dependency_url.py
- extend_types.py
- inference.py
- inference_defaults.py
- model_base.py
- model_manifest.json
- model_manifest.py
- model_registry.py
- schema.py
- __init__.py
- ccd.py
- featurizer.py
- filter.py
- geometry_featurizer.py
- parser.py
- substructure_perms.py
- __init__.py
- infer_dataloader.py
- json_maker.py
- json_parser.py
- json_to_feature.py
- __init__.py
- msa_featurizer.py
- msa_service_client.py
- msa_utils.py
- __init__.py
- template_featurizer.py
- template_parser.py
- template_utils.py
- __init__.py
- common.py
- kalign.py
- logger.py
- rewrite_biotite.py
- search.py
- __init__.py
- constants.py
- tokenizer.py
- utils.py
- __init__.py
- atom_window.py
- comm.py
- confidence.py
- config.py
- distogram.py
- launch.py
- layout.py
- mesh.py
- metrics.py
- msa_pair_weighted.py
- online_softmax.py
- opm.py
- pair_sharding.py
- real_pairformer.py
- structural_pair.py
- triangle_attention.py
- triangular_mult.py
- triton_attention_bias.py
- trunk_init.py
- __init__.py
- __init__.py
- clash.py
- compat.h
- layer_norm_cuda.cpp
- layer_norm_cuda_kernel.cu
- type_shim.h
- __init__.py
- layer_norm.py
- torch_ext_compile.py
- __init__.py
- confidence.py
- diffusion.py
- embedders.py
- head.py
- pairformer.py
- primitives.py
- structural_tokens.py
- transformer.py
- __init__.py
- layers.py
- triangular.py
- __init__.py
- generator.py
- msa_sampling.py
- opendde.py
- sample_confidence.py
- shape_complementarity.py
- utils.py
- __init__.py
- config.py
- engine.py
- potentials.py
- __init__.py
- distributed.py
- download.py
- environment.py
- file_io.py
- geometry.py
- logger.py
- logging_config.py
- scatter_utils.py
- seed.py
- torch_utils.py
- __init__.py
- version.py
- __init__.py
- batch_inference.py
- cli.py
- dumper.py
- inference.py
- msa_search.py
- rna_msa_search.py
- template_search.py
- build_docker_image.sh
- check_release.py
- download_opendde_data.sh
- render_release_notes.py
- test_cueq_runtime.py
- __init__.py
- test_atom_array_annotations.py
- test_atom_attention_decoder.py
- test_attention_pair_bias.py
- test_condition_transition.py
- test_config.py
- test_config_schema.py
- test_data_config_roots.py
- test_dependency_url.py
- test_diffusion_transformer.py
- test_distogram_bins.py
- test_environment.py
- test_featurizer_optimizations.py
- test_fetch_remote_cif.py
- test_file_io.py
- test_foldcp_confidence_launch_policy.py
- test_foldcp_cpn.py
- test_generator_tfg.py
- test_inference_config.py
- test_input_validation.py
- test_installation.py
- test_ion_feature_metadata.py
- test_kalign.py
- test_local_rearrange.py
- test_model_manifest.py
- test_msa_config.py
- test_msa_encoding.py
- test_msa_service_client.py
- test_preprocess_helpers.py
- test_release_metadata.py
- test_runtime_fallbacks.py
- test_search_database_downloads.py
- test_shape_complementarity.py
- test_structural_frame_inheritance.py
- test_structural_token_expander.py
- test_structural_tokenizer.py
- test_structure_output.py
- test_triton_compatibility.py
- test_utils.py
- .dockerignore
- .gitignore
- .pre-commit-config.yaml
- AGENTS.md
- CHANGELOG.md
- Dockerfile
- inference_demo.sh
- LICENSE
- MANIFEST.in
- pyproject.toml
- README.md
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/aurekaresearch/OpenDDE
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd OpenDDE
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. Docker
쉬움 추천사전 준비물
- Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
- Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.
docker pull aurekaresearch/opendde:v1
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
- The Docker image can be pulled with `docker pull aurekaresearch/opendde:v1`
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
3. Python
쉬움사전 준비물
uv pip install --python .venv --torch-backend cpu opendde
requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.
uv pip install --python .venv --torch-backend cu126 "opendde[gpu]"
requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.
uv pip install --python .venv --torch-backend cpu -e .
requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.
uv pip install --python .venv --torch-backend cu126 -e ".[gpu]"
requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.
에러 메시지 없이 실행되고 터미널에 안내 문구가 출력되면 정상입니다.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
// repository documentation
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