funannotate
Eukaryotic Genome Annotation Pipeline
파일 탐색기
최종 버전 다운로드 (.zip)- bug_report.md
- container-cleanup.yml
- container.yml
- main.yml
- python-publish.yml
- release-triggered.yml
- release.yml
- triggered-build.yml
- build.sh
- meta.yaml
- README.md
- build.sh
- README.md
- .gitignore
- annotate.rst
- commands.rst
- compare.rst
- conda.rst
- conf.py
- databases.rst
- dependencies.rst
- docker.rst
- evidence.rst
- index.rst
- install.rst
- make.bat
- Makefile
- manual.rst
- predict.rst
- prepare.rst
- requirements.txt
- tutorials.rst
- update.rst
- utilities.rst
- augustus_parallel.py
- enrichment_parallel.py
- fasta2agp.py
- filterGenemark.pl
- filterIntronsFindStrand.pl
- funannotate-BUSCO2-py2.py
- funannotate-BUSCO2.py
- funannotate-p2g.py
- funannotate-runEVM.py
- genemark_gtf2gff3.pl
- getEggNog.sh
- hmmer_parallel.py
- iprscan-local.py
- iprscan2annotations.py
- pal2nal.pl
- phobius-multiproc.py
- phobius-remote.pl
- runIPRscan.py
- sam2bam.sh
- tbl2asn_parallel.py
- trinity.py
- trnascan2gff3.pl
- xmlcombine.py
- busco_test.fa
- codeml.config
- EOG092C0B3U.prfl
- extrinsic.E.XNT.RM.cfg
- smcogs.txt
- test.sbt
- tf_interpro.txt
- TruSeq3-PE.fa
- TruSeq3-SE.fa
- bootstrap.min.css
- starter-template.css
- bootstrap.min.js
- ie-emulation-modes-warning.js
- ie10-viewport-bug-workaround.js
- jquery.min.js
- __init__.py
- bam2gff3.py
- contrast.py
- gbk2parts.py
- get_longest_isoform.py
- gff2prot.py
- gff2tbl.py
- gff_reformat.py
- predict_trna.py
- quarry2gff3.py
- stats.py
- stringtie2gff3.py
- tbl2gbk.py
- __init__.py
- __version__.py
- annotate.py
- check.py
- clean.py
- compare.py
- database.py
- downloads.json
- fix.py
- funannotate.py
- genetic_codes.py
- interlap.py
- iprscan.py
- library.py
- mask.py
- outgroups.py
- predict.py
- remote.py
- resources.py
- setupDB.py
- sort.py
- species.py
- stackedBarGraph.py
- test.py
- train.py
- update.py
- cleanup_rust_builds.sh
- pixi_install_bowtie2.sh
- pixi_install_evm.sh
- pixi_install_pasa.sh
- pixi_install_salmon.sh
- pixi_install_trinity.sh
- pixi_setup_symlinks.sh
- toggle_trinity_rust.sh
- benchmark_trinity_rust.sh
- test_annotate_gzip_cache.py
- test_pixi_install_pasa.py
- test_setupdb_missing_info.py
- test_tbl2asn.py
- test_translation_table.py
- .gitignore
- .readthedocs.yaml
- .zenodo.json
- CHANGES.md
- CITATION.cff
- CLAUDE.md
- Dockerfile
- Dockerfile2
- funannotate-docker
- funannotate-logo.png
- funannotate-podman
- LICENSE.md
- MANIFEST.in
- pixi.lock
- pixi.toml
- README.md
- setup.py
- Singularity
# 설치 가이드
1. 코드 내려받기
git clone https://github.com/nextgenusfs/funannotate
깃허브에서 프로젝트 코드 전체를 내 컴퓨터로 내려받습니다.
cd funannotate
방금 내려받은 프로젝트 폴더 안으로 이동합니다.
2. Docker
쉬움 추천사전 준비물
- Git GitHub에서 프로젝트 코드를 내려받으려면 필요합니다.
- Docker Desktop 컨테이너를 빌드하고 실행하려면 필요합니다. 설치 후 실행해서 백그라운드에 켜두세요.
$ docker pull nextgenusfs/funannotate
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
$ wget -O funannotate-docker https://raw.githubusercontent.com/nextgenusfs/funannotate/master/funannotate-docker
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
$ chmod +x /path/to/funannotate-docker
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
$ funannotate-docker test -t predict --cpus 12
이 명령어를 터미널에 그대로 입력해 실행하세요.
터미널에 docker compose ps 를 입력해 컨테이너들이 Up 상태인지 확인하세요. README에 포트 번호가 적혀있다면 브라우저에서 http://localhost:포트번호 로 접속해보세요.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
3. Python
쉬움사전 준비물
python -m pip install funannotate
requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.
python -m pip install git+https://github.com/nextgenusfs/funannotate.git
requirements.txt 등에 명시된 파이썬 라이브러리를 설치합니다.
에러 메시지 없이 실행되고 터미널에 안내 문구가 출력되면 정상입니다.
이 레포의 README에 적힌 실제 명령어를 그대로 가져왔습니다.
// repository documentation
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