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BIO500
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Méthodes en écologie computationnelle
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# Méthodes en écologie computationnelle [](https://github.com/EcoNumUdS/BIO500/actions/workflows/build.yml) (2 crédits) - **Enseignant:** Victor Cameron ## Livre du cours [](https://econumuds.github.io/BIO500/) - Matériel de cours - Tutoriels - Exemples - Matériel supplémentaire ## Bloc 1: Planification de la collecte et organisation des données [](https://econumuds.github.io/BIO500/donnees.html) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc1/) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc1/bloc1.pdf) - Types de données - Formulaires de saisie - Bases de données relationnelles (SQL) - Requêtes ## Bloc 2: Outils pour une science reproductible et transparente [](https://econumuds.github.io/BIO500/reproductibilite.html) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc2/) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc2/bloc2.pdf) - Système de contrôle de version git - Le cahier de laboratoire RMarkdown - L'utilisation de Target pour l'automatisation des tâches ## Bloc 3: Visualisation des données [](https://econumuds.github.io/BIO500/visualiser.html) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc3/) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc3/bloc3.pdf) - Les types de graphiques - Fonctions graphiques de base sur R - Paramètres graphiques - Packages R spécialisés ## Bloc 4: Communication scientifique [](https://econumuds.github.io/BIO500/communiquer.html) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc4/) [](https://econumuds.github.io/BIO500/bloc4/bloc4.pdf) - Rédaction de rapports et d'articles scientifiques - Mise en page - Insertion de figures et tableaux - Gestion des références ## Compiler les présentations localement Avant la première compilation, il est recommandé d'installer les dépendances necessaires: ```bash make install ``` Pour générer tous les présentations, il suffit juste de taper: ```bash make ``` Ce commande là va nous compiler les fichiers `html` que ne sont pas à jours avec leur respecives fichers `.Rmd`. Pour compiler une seule présentation, il faut spécifier le nom du bloc du cours envisagé: ```bash # compiler première bloc du cours make -C bloc1 ``` ### Workflow Pour chaque bloc de présentation, `make` va vérifier s'il y a des fichers `.Rmd` avec des editions plus recentes que la présentation compilé (`index.html`). Si oui, il va fusionner tous les `.Rmd` en un seul ficher `index.Rmd`, pour finalement compiler la présentation `html` avec le package `rmarkdown`. Vous pouvez enfin accéder à la présentation avec le fichier `index.html`. ## Mise en ligne des cours Notre ami robot, [GitHub Actions](https://github.com/features/actions) est en charge de la mise en ligne des cours sur internet. Il y a deux [workflows](https://github.com/EcoNumUdS/BIO500/tree/master/.github/workflows) capables d'automatiser la compilation et déploiement des présentation a chaque push. Le première (`build.yml`) compile les les fichers `.Rmd` en html, et télécharge les présentations html sur la branche `gh-pages`. Le deuxième utilise [`Decktape`](https://github.com/astefanutti/decktape) pour pour exporter les html en format pdf, et aussi le télécharger sur la branche `gh-pages`.
