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Safety-bounded research framework for APEX formula evolution, replay evidence, and V12 Shadow evaluation.

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# APEX Evolution Core

[![CI](https://github.com/mzl2233/apex-evolution-core/actions/workflows/ci.yml/badge.svg)](https://github.com/mzl2233/apex-evolution-core/actions/workflows/ci.yml)

仓库所有者与当前维护者：[Yixuan Xu (@mzl2233)](https://github.com/mzl2233)。

APEX Evolution Core 是一个面向 Agent 系统的公式演进、影子评估和安全决策包。
它把 APEX 从早期维度实验、V9/V10 公式实现，推进到 V11 生物节律建模、
V12 Shadow 优化器和只读 APEX-U 决策边界。

当前包版本为 `0.3.0`。公式主线的最新实验阶段是 **V12 Shadow**，它只生成
候选信号和证据计数，不拥有修改在线 `delta_G`、权重、路由、部署或交易状态的权限。

## 为什么公开这个仓库

这个仓库展示的是可复现的核心，而不是生产环境快照：

- V10 公式和统一标准计算；
- V11 生物节律与认知状态建模；
- 14D 到 22D 的映射和短板分析；
- V12 的 UCB1、Lyapunov PID、Bayesian Half-Kelly、AHP、信息瓶颈和
  MAML 风格影子优化；
- APEX-U 只读决策包及 fail-closed 自动化边界；
- V13 只读源码安全校验：`validate_read_source()` 只批准无符号链接的普通文件，
  返回不可变的规范化路径元数据；
- 从早期实验到当前工程安全加固的完整历史。

项目早期基于 MIT 许可的 APEX Spiral 代码和公式文档继续发展。后续版本加入了
独立的回放诊断、证据质量、权限合同、可恢复事务和输出安全工作。来源和边界见
[NOTICE.md](NOTICE.md) 与 [完整演进史](docs/EVOLUTION_HISTORY.md)。

## 快速开始

```bash
python3 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install -e '.[dev]'
.venv/bin/python examples/demo.py
.venv/bin/python -m pytest
./scripts/check_public_tree.sh
```

演示只读取临时示例数据，不需要模型 API、账号、服务器或生产服务。

## 最小示例

```python
from apex_spiral import ApexCalculator, build_unified_packet

delta_g = ApexCalculator().calculate()
packet = build_unified_packet(
    core_inputs={"core_score": delta_g, "core_version": "v10-public"},
    self_tuning={"candidate_shadow_status": "insufficient_evidence"},
    evidence={"evidence_reliability": 0.4, "replay_records": 4},
    risk={"risk_discount": 1.0},
)

assert packet["final_decision"]["live_authorization"] is False
```

## 演进概览

APEX 有两条历史编号，不能混为一套正式发布号：

| 轨道 | 阶段 | 主要变化 |
|---|---|---|
| 维度实验 | v1 -> v2 -> v3 | 6D -> 9D -> 14D，并加入 PID、率失真、Kelly、探索、博弈和元学习 |
| 公式主线 | V9 -> V10.1 -> V10.2 -> V10.3/V10.4 | 参数化公式、记忆/追踪、统一标准、审计修复和闭环集成 |
| 当前主公式 | V11 | 生物节律、神经和认知状态作为有界增益 |
| 候选影子 | V12 Shadow | 学术优化器、证据计数、回放评估，不自动晋升 |
| 工程加固 | APEX-001 -> APEX-061 | 安全闸门、回放证据、权限合同、事务恢复和输出安全 |
| 只读安全 | V13 Read-Source Safety | 本地证据路径 fail-closed 校验，拒绝符号链接和非普通文件 |

详细状态、证据类型和编号差异见 [EVOLUTION_HISTORY.md](docs/EVOLUTION_HISTORY.md)。

## 安全边界

- `build_unified_packet()` 无副作用，只返回确定性数据结构。
- V13 的 `validate_read_source()` 只校验路径元数据，不读取文件内容；错误消息只包含失败类别，不暴露本地路径或异常细节。
- V12 默认只读取显式传入的 `data_dir`；未传入时使用独立的
  `~/.apex-evolution-core`，不会读取 Hermes 或其他私有运行目录。
- V11 状态持久化必须显式传入 `output_dir`。
- Advisor 和 Shadow 信号不能修改核心分数或授予在线执行权限。
- 仓库不包含运行日志、回放原始数据、个人知识库、服务器脚本或凭据。

架构见 [ARCHITECTURE.md](docs/ARCHITECTURE.md)，安全报告方式见
[SECURITY.md](SECURITY.md)。

## 当前限制

- 历史中的部分标签是内部里程碑，不是已经发布的 Git tag。
- V12 的质量晋升仍需要更强的真实回放证据；本仓库不附带私有回放数据。
- 公式输出是诊断和排序信号，不是通用性能基准，也不代表生产采用率。

## 许可证

MIT。早期来源说明和后续维护边界见 [NOTICE.md](NOTICE.md)。

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