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R_beginners

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📚书：R语言零基础入门

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# 前言

>该配套文档已经进行了7次更新（最近一次是20250820），主要是把初学者常犯的错误指出来，帮助大家减少报错，报错内容主要来自b站、小红书、粉丝qq群，感谢大家；除此之外增加R/rtools/rstudio的版本注意问题。

- 本合集的Github项目地址：[R_beginners](https://github.com/ayueme/R_beginners)
- 本合集的配套文档观看地址：[R语言零基础入门](https://ayueme.github.io/R_beginners/)
- 本合集的配套视频观看地址：[R语言零基础入门](https://space.bilibili.com/42460432/lists/3740949?type=season)

## R语言在医学中的应用

很多初学者可能并不知道R语言在医学中有什么用，我先简单介绍一下。R语言在医学中的使用非常广泛，涉及方方面面！

首先肯定是**医学统计**分析，R语言就是统计学家开发的，相比于SPSS、SAS、Stata等软件，R语言的统计分析功能更加强大，一些新的统计方法也会首先使用R语言实现。对于一些复杂的meta分析等方法，目前也只有R语言才能实现。

其次是R语言在**生信数据分析**中应用广泛，经久不衰的生信数据挖掘也一直是医学生发文的热点方向之一。各种常见的生信下游分析（比如：差异分析、富集分析、生存分析、免疫相关分析、单细胞分析等）都是在R语言中实现的，各大生信数据库（比:TCGA、GEO、ICGC、CCLE等）挖掘也是以R语言为主。

第3是R语言在**临床预测模型**和**机器学习**方面的应用。临床预测模型也一直是发文的热点之一，目前多数临床预测模型相关的文章都是以R语言为主，除了传统的3大回归模型（线性回归、逻辑回归、COX回归）外，各种机器学习方法的使用也越来越频繁，这些都可以使用R语言实现。而且R语言在机器学习领域也越来越强大、易用。

第4是R语言在**孟德尔随机化**中的应用，孟德尔随机化曾是发文的爆点，各种MR分析方法都是以MR为主，R语言可以实现全套的MR分析。

第5是R语言在各大医学**数据库挖掘**中的使用，比如近几年非常火热的nhanes、GBD、CHARLS、FAERS、MIMIC、eICU等，它们的分析需要使用R语言。传统的EXCEL和SPSS无法实现这些复杂的分析。

第5是R语言的**绘图功能**强大，常见的统计图表（条形图、折线图、散点图、直方图、箱线图、小提琴图等）轻松拿捏，各种常见的[医学三线表](https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzUzOTQzNzU0NA==&action=getalbum&album_id=2393745104206348290&scene=126&sessionid=943945901#wechat_redirect)轻松绘制，[亚组分析和森林图](https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzUzOTQzNzU0NA==&action=getalbum&album_id=2339506973198565377&scene=126&sessionid=943945901#wechat_redirect)等1行代码实现；各种生信常见图形也是不在话下，比如热图、网络图等；各种地图也是手到擒来。

## 为什么要写这个合集

公众号一直免费分享各种R语言教程，主要是面向医学生/医生或者公卫、流统、统计等群体，但是这部分人是没有任何编程基础的，即使写的已经非常通俗简单了（甚至有朋友觉得太啰嗦），但还是有很多人跟着公众号的教程自己做不出来，并且有很多朋友一直问有没有相关的视频教程，之前是没有的，现在有了！这个教程就是专门为编程零基础的医学生/医生准备的。

我在学习R语言的时候，走了很多弯路，我把其中的一些注意点写出来，让大家少走点弯路。

我认为《R语言是实战》是最适合医学生入门R语言的书籍，没有之一。但是由于书的作者是老外，所以这本书的开头部分和中国的特殊情况不太合适，比如它没有告诉我们大陆地区安装R包需要更改镜像，所以你一上来就遇到最大的难题：R包安装......并且有相当一部分医学生学习R语言是为了分析生信数据，然而这部分R包的安装又与默认方法不同......我太明白R包安装失败的痛苦了，刚学的时候啥也不懂，经常就困在安装R包上几个小时甚至几天！

另外就是有一些概念比较晦涩难懂，这对于没有任何计算机背景的医学生/医生来说是非常难解决的问题，尤其是刚开始接触R的时候，报错了也不知道怎么解决，或者找不到合适的解决方案，非常煎熬。又或者是你在相关的交流群问别人，可能出现“别人看不懂你的问题”或者“别人的回答你看不懂”，无效交流。

有一个非常著名的悖论就是：**当你学会某项技能或知识时，你就会忘记你不会的时候是什么样子**。我会尽量做到从初学者的角度进行讲解，虽然我也已经忘记我不会的时候是什么样子......

## 内容简介

本合集主要面向医学生/医生，或者公卫、流统、统计等群体，可能不适合其他专业。本合集仅有R语言最基础的内容，R语言实战内容会在本合集结束后新开合集介绍。

初学者学习R语言不需要完全记住所有内容，只需要有个大概印象即可，这样你在遇到类似的问题时可以知道解决的途径，也可以避免与别人交流时因为完全听不懂而产生无效交流。等使用次数多起来之后自然就会记住各种概念和用法，学习编程是一个熟能生巧的过程，一定要多敲代码！

主要内容如下：

![](https://aliyun-bucket0324.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/img/3510323.png)

与我的其他合集一样，本合集也会长期保持不定期更新，并且也是**网页版免费看**，PDF版付费获取（附赠Word版）。

- 免费文档观看网址：[R语言零基础入门](https://ayueme.github.io/R_beginners/)
- PDF版获取链接：公主号：[R语言零基础入门PDF版](https://mp.weixin.qq.com/s/Hpur6gVN1-LDQqL6PtGYsw)；或者在[阿越就是我]的B站小店购买。

所有内容都已在我的个人公众号（医学和生信笔记）发布，收录在[R语言入门合集](https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzUzOTQzNzU0NA==&action=getalbum&album_id=3635563493526208514&scene=173&subscene=&sessionid=undefined&enterid=0&from_msgid=2247503407&from_itemidx=1&count=3&nolastread=1#wechat_redirect)中，包括数据获取方式，想要白嫖的可在历史推文中查看对应的文章（有些数据会在公众号文章的评论区放出获取方式）。

为了方便大家学习，我已经录制了**配套的视频**，放在了哔哩哔哩（我的B站账号：阿越就是我），**免费观看**，点击直达：[R语言零基础入门](https://space.bilibili.com/42460432/channel/collectiondetail?sid=3740949)

限于个人专业、水平、时间等问题，难免有很多不足之处，欢迎大家以各种方式（微信、QQ、公众号留言等）交流、建议。但是请不要抬杠，也请不要成为喷子、伸手党、张嘴党。

## 参考书目

主要参考了3本书：

- 《R语言实战》
- 《R数据科学》
- 《R语言编程-基于tidyverse》

## 推荐阅读

推荐一些适合医学生/医生的R语言书籍：

- 入门/R语言基础：
  - 《R语言实战》
  - 《R数据科学》
  - 《R语言编程-基于tidyverse》

- R语言绘图：
  - 《R数据可视化手册》（超详细版ggplot2绘制各种图形的说明书）
  - 《ggplot2：数据分析与图形艺术》（ggplot2作者写的书）
  - 《R绘图系统》（R语言绘图进阶）

- 预测模型和机器学习：
  - 《应用预测建模》（caret说明书，适合医学生入门预测模型）
  - 《R语言整洁建模》（《tidy modeling with R》中文版，本人翻译，已上市）
  - 《Applied Machine Learning Using mlr3 in R》（中文版《使用mlr3应用机器学习》也是由我翻译，2025下半年上市）
  - 《精通机器学习-基于R》（进一步了解caret及其他机器学习R包）

## 作者介绍

-   阿越，外科医生，R语言爱好者，长期分享R语言和医学统计学、临床预测模型、生信数据挖掘、R语言机器学习等知识。
-   哔哩哔哩：[阿越就是我](https://space.bilibili.com/42460432)
-   Github：[ayueme](https://github.com/ayueme)
-   公众号：**医学和生信笔记**，欢迎扫码关注：

![](https://aliyun-bucket0324.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/img/46346465dfgdfgd.jpg)

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